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「事業承継・M&A補助金」第13次公募が開始|事業承継を検討する経営者が知っておくべき最新制度と活用ポイント

M&Aの手法

2025年10月、事業承継支援制度のひとつである 「事業承継・M&A補助金」第13次公募 が開始されました。この補助金は、事業承継やM&Aに向けて準備を進める中小企業や個人事業主の負担を軽減し、スムーズな承継実行や統合後の体制づくりを支援する目的で設計されています。

特に今回の第13次公募では、従来枠の見直しに加え、PMI(統合作業)や専門家活用領域の支援強化、事業引継ぎ前の投資の対象化など、より実務に沿った支援が拡大している点が特徴です。これは、中小企業庁が発表した「中小M&A市場改革プラン」と連動しており、事業承継を自社の将来戦略の一つとして検討する経営者にとって、制度活用の重要性が高まっています。

本記事では、今回新たに公募開始された補助金について、経営者目線でポイントを整理し、申請準備の進め方や注意点まで体系的に解説します。


この補助金が必要とされる背景

——事業承継は“避けるテーマ”から“経営戦略”へ

日本では事業承継が経営課題の上位に位置づけられています。経営者の高齢化が進み、経営者交代が必要な企業は増えていますが、後継者候補が身近にいないケースも多く、黒字廃業が社会問題となっています。

この補助金は、次の現実を前提に設計された制度です。

  • 後継者不在企業が依然として多い
  • 必要なタイミングで事業承継を準備していない企業が多い
  • M&Aや事業承継のための費用が負担となり、意思決定が遅れやすい
  • 承継後の統合対応(PMI)が失敗要因として多い

つまり、この補助金は「承継に踏み切るためのハードルを下げる制度」であり、事業承継・経営権移転を前提とした“事前準備〜実行〜統合”までを支援する仕組みです。


補助金の対象範囲

——使える用途は大きく4分類に整理されている

第13次公募の補助枠は以下のように構成されています。


事業承継準備支援枠

事業承継に向けて必要な投資や仕組みづくりが対象となります。例としては、

  • 仕組み化・マニュアル整備
  • IT導入
  • 組織体制整備
  • 人材採用・教育

など、企業価値を高める取り組みが含まれます。


専門家活用枠

事業承継やM&Aを進める際に必要な、税理士・会計士・M&A仲介FA・弁護士などの専門家費用が対象となります。

などが含まれ、事業承継に不慣れな経営者を支援する重要枠です。


PMI支援枠(統合後支援)

近年の補助金で特に注目されているのがPMI支援枠です。これは、

  • 経営統合後の人材定着
  • 組織文化統合
  • 廃棄・統廃合・IT統合
  • 経営体制移行サポート

などを対象とし、M&A成功の実務部分を補助対象としています。


再チャレンジ枠(廃業・事業整理)

円滑な退出と再スタートを支援する枠です。

  • 廃業費用
  • 解体・撤去費
  • 商圏移転・別事業立ち上げ

などに利用できます。


補助率と上限額の目安

枠ごとに補助率・上限額は異なりますが、一般的には以下のレンジが適用されます。

区分補助率上限額(目安)
事業承継準備枠1/2〜2/3数百万円規模
専門家活用枠2/3〜数百万円
PMI支援枠1/2数百万〜一千万円級の場合あり
再チャレンジ枠1/2〜2/3条件により変動

※公表内容範囲での記述(具体額は申請条件により変動)


補助金制度の特徴

——単なる資金支援ではなく、伴走型の支援

この補助金の特徴として、「補助金を提供して終わり」ではない点が挙げられます。制度設計の背景には、

  • 承継実務の難易度
  • PMI段階での失敗リスク
  • 経営者交代に伴う従業員対応の課題

などがあり、承継前から承継後まで継続的な支援を受けられるよう調整されています。


申請に必要な重要ポイント

——補助金は「出す企業ではなく、準備した企業が採択される」

申請前に押さえておくべき最重要ポイントは、次の項目です。


✔ 経営計画が必要になる

補助金は「使いたい」「必要と思う」だけで採択されるものではなく、

  • どんな課題があるのか
  • なぜ承継が必要か
  • 実行後の未来像
  • 利用目的と期待効果

が論理的に整理されている必要があります。


✔ 専門家・支援機関と連携する必要がある

事業承継税制対応・企業評価・契約などの実務は専門家知識が必要な領域であり、補助金申請でも専門家の関与が必須または推奨となります。


✔ 申請期間は短く、締切直前は混雑する

今回の申請期間は約1か月。補助金は準備不足の企業から締切日直前に集中しやすく、支援機関側にも対応遅延が発生しやすい傾向があります。


制度活用で得られるメリット

——「節税」「補助」「安心して承継できる」

制度活用によるメリットは次のとおりです。

  • 費用負担の軽減
  • 承継プロセスの標準化・自走化
  • 経営改善・価値向上
  • PMIによる承継失敗防止
  • 外部専門家との接点確保
  • 取り組むタイミングが明確になる

補助金制度は、「承継を進めるための起点」として使える制度です。


経営者が今取るべき行動

制度が公開された今、経営者がすべき行動は明確です。


事業承継の方向性を整理する

親族承継か、役員承継か、第三者承継か。


企業価値評価が必要か確認する

バリュエーションは承継意思決定の基盤になります。


申請スケジュールを逆算し、支援機関と打ち合わせる

自社単独では進めにくく、早期準備が鍵です。


将来像(ビジョン)を言語化する

承継は引き継ぐ側のモチベーションとも直結します。


まとめ:補助金制度は「承継を始める合図」

今回の「事業承継・M&A補助金」第13次公募は、事業承継やM&Aを検討する企業にとって大きなチャンスです。制度整備が進む中、承継は“悩むテーマ”ではなく計画として向き合う経営課題になっています。

重要なのは、「いつか考える」ではなく、期限があることを前提に動き始めることです。採択は早めに準備し、整理された企業ほど有利になります。

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この記事を書いた人
MANDA編集部 森田

なにかと課題の多いM&A業界を民主化し、日本の未来を大きく左右する「事業承継問題」を解決することが、私たちのミッションです。M&Aをこれから始める方から、M&Aのプロフェッショナルの方まで、M&A周りを判りやすく丁寧に解説します。

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